Departemen Sejarah dibentuk pada tahun 2015 yang merupakan bagian dari hasil reorganisasi kelembagaan di UGM berupa penghapusan Jurusan dan pembentukan Departemen serta fungsi-fungsi kelembagaan yang ada baik di tingkat Prodi, Jurusan, Fakultas, maupun Universitas. Departemen ini menaungi Program Sarjana (S1) Ilmu Sejarah dan Program Pascasarjana (S2) Ilmu Sejarah.